一般来说，婴儿在医院内的感染率与其出生体重有密切关系，长期留在婴儿特别监护室常是感染的良好预知者。因为许多感染来自有创性操作，计算操作-特异性发生率可用于确定变化着的感染率和区域，而对这些区域需要加强检查和进一步预防。
定植细菌或感染的传播是通过工作人员的手，和多种婴儿经受的有创性操作的材料：如长期动脉和静脉内留置导管以监测血管内压力，肠道外营养或输注液体，*物，或抽取血标本，辅助呼吸或持续气道内正压呼吸的气管内插管，提供营养的鼻胃或鼻空肠喂养管。所有这些操作都可能已成为流行或散发的医院内感染的原因。
在婴儿特别监护室中的婴儿常是患病儿，早产儿和低出生体重儿。他们需要许多支持性的有创性操作并经常接受抗微生物治疗。定植的细菌倾向于流行性革兰氏阴性菌（如克雷白杆菌属，肠杆菌属，假单细胞菌属和变形杆菌属），和凝固酶阴性的葡萄球菌，这些细菌对多种抗生素耐*。酵母菌的定植也常见。
对定植和感染的预防需要提供足够的空间（在监护中心：9~11m2 /每个婴儿，在一般护理室：6m2 /每个婴儿，婴儿培育箱或暖箱间距为1。8m，并排成行安放），工作人员（在监护中心：护士与婴儿之比为1：1~1：2，在过渡监护室为 1：3~1：4）。应该用合适的技术，包括有创性设施的放置和保管，对新生儿连续使用的设备进行仔细的清洗，消毒和灭菌。必须积极监视感染（非定植）和监督操作。
其他的预防措施包括用长袖隔离衣和手套，排气型婴儿培育箱的保护作用有限，婴儿培育箱的内外很快被严重污染；工作人员的手和前臂也可被污染。在感染暴发时，可能有必要建立严格的感染婴儿群或定植婴儿群，但在大多数特别护理室作为一个常规措施是不实际的。通用的血液和体液标本的防护（如用于防止 HIV传播）可加强保护。
在疾病流行时，建立疾病婴儿群或定植婴儿群并有指定的护理人员是有用的。未接触的婴儿应尽早出院或母-婴同室，而不是入住婴儿室。有必要在出院后对新生儿继续监视1个月，以评价所实施的控制感染措施是否适当。
预防性使用抗生素制剂治疗，尽管经常使用但是无效；并促使婴儿室内产生耐*菌株的，改变婴儿正常菌群的平衡，使新生儿更容易受到耐*菌株的定植。推荐常规的预防疗法仅用于有接触史的新生儿淋病性眼炎或合并淋球菌感染的预防（见下文新生儿结膜炎）。在特殊情况下可考虑使用对特异性病原的抗生素，例如在确定的婴儿室发生流行期间，青霉素G用于预防A组链球菌感染，口服多粘菌素或新霉素预防肠毒性或致病性大肠杆菌感染。
对任何住院超过2个月的婴儿，应常规按顺序进行白喉，破伤风和百日咳的免疫接种。为避免婴儿室内的交叉感染，不可在院内口服脊髓灰质炎疫苗（活病毒），灭活的脊髓灰质炎疫苗可在婴儿室内经肌注给予，是小儿常规免疫接种的选择方法之一。
